鍵ペア(秘密鍵・公開鍵)を作成する最も安全な方法を教えてください。

EOSIO開発チームが提供するCleosを使って作成することをおすすめします。

なお、irexでアカウントを作成した場合に提供される鍵ペアはCleosを利用して作成されたものです。その際、irexではサーバーで鍵ペアを一切保存しておりませんので、ハッキングによる流出の恐れはありません。一方でユーザーが秘密鍵を紛失した場合にも再発行は出来ませんのでご注意ください。